해방 후 관행에 의하여 운영되었던 해녀들의 조직체인 잠수회 등은 수산정책 등 제도적 요인에 의하여 크게 변화되었다.
미군정시대(1945~1948년) 해녀들이 사용하는 바다는 어업 조합이 중심이 돼 운영되었다. 1947년에 접어들면서 각 지역에서 조합 설립 요구들이 일어났다. 이는 제주도 어업조합은 제주도 내 단일조합으로 구역이 너무 방대하여 조합 이용이 불편함은 물론 지역 특성과 균형발전을 위해서는 주요 항만 또는 수산물의 집하지를 중심으로 어업 조합이 설립되어야 한다는 이유에서였다. 이에 제주도는 1948년 2월 15일 제주도지사의 행정 지령으로 제주도어업조합을 분할하여 북제주지역(추자도 제외)에는 제주어업조합, 남제주지역에는 서귀포어업조합을 설립하였다. 그후 서귀포어업조합을 분할하여 1948년 6월 15일 성산면과 표선면 지역을 업무 구역으로 하는 성산포어업조합의 설립을 인가하게 되었으며 뒤이어 제주어업조합을 분할하여 1948년 8월 31일 한림면과 한경면 지역을 업무 구역으로 하는 한림어업조합의 설립을 인가하게 되었다.
해방 후 혼란기와 6·25를 거치는 동안 각종 제도 마련이 지지부진한 가운데 수산업 분야도 조선 어업령의 틀을 벗어나지 못하다가 정치·사회적으로 안정을 되찾으면서 수산업계도 정비가 필요하게 되었다. 그 결과 1953년 9월 9일 법률 제295호로 공포된 <수산업법>이 제정되었다.
<수산업법> 제40조는 입어 관행을 인정하여 “공동 어업의 어업권자는 종래의 관행에 의하여 그 어업장에서 어업 하는 자의 입어를 거절할 수 없다.”고 규정하여 입어 관행을 둘러싸고 분쟁이 격화되었다.
분쟁은 크게 두 가지로 전개되었는데 하나는 출가해녀를 둘러싼 제주도어업조합과 육지부 어업조합과의 분쟁이고 또 다른 하나는 마을 어장을 둘러싼 공동체와의 분쟁이다. 이 시기의 제주도 내의 마을 어장 분쟁 사례는 애월읍 금성리와 한림읍 귀덕리(1961), 구좌읍 하도리 서동과 면수동(1960~1962), 표선면 표선리와 세화리(1961~1963), 성산읍 성산리와 오조리(1961), 애월읍 가문동과 미수동(1964), 애월읍 신엄리와 중엄리(1962~1963), 우도면 후해동과 비양동(1964~1965), 성산읍 시흥리와 구좌읍 종달리(1964~1970), 성산읍 오조리와 고성·신양 어촌계(1985~1987) 등이다.
1962년 <수산업협동조합법> 제정으로 어촌계 설립 근거가 처음 규정되었고 1962년 3월 30일 <수산업협동조 합법> 시행령 제정으로 어촌계가 본격적으로 탄생하게 되었다.
어촌계는 지구별 조합의 조합원 20인 이상이 발기하여 어촌의 자연부락을 단위로 조직할 수 있다. 어촌의 자연 부락은 연안 공동어장을 중심으로 형성되고 있을 뿐 아니라 지선어민地先漁民은 이 지선어장을 전용 행사하는 관행이 정착되어 왔으며 또한 생활의 근거지로 삼고 있다. 그러므로 연안 공동어장을 어민의 자율적 조직으로 하여금 이용, 개발토록 함으로써 수협 기능의 일부를 담당할 수 있도록 하는 데 그 목적을 찾을 수 있다.
제주지역 경제와 가족의 생계를 도맡아왔던 해녀들의 수는 1960년대 이후 급감하기 시작하였다. 새롭게 급부 상한 감귤산업과 관광산업은 그동안 바다를 생계의 터전으로 삼아 일구어 온 어민들에게 바다보다는 뭍으로 시선을 돌리게 했다.
제주 지역경제에 크게 기여하여 온 해녀들은 해방 직후인 1946년 10,124명에서 1957년 27,553명으로 급격히 증가하였고 1968년까지 2만 명 수준을 유지하였으나 1980년 7,804명, 2000년 5,789명, 2022년 3,226명으 로 1957년 대비 24,327명(88%), 2000년 대비 2,563명 (44%) 감소하고 있다.
1980년대부터 마을 어장의 급격한 자원 고갈을 막기 위하여 기르는 어업으로의 전환, 어장 휴식년제의 도입, 조건불리지역 수산물 직불제, 체험 어장으로의 활용, 해양 환경 개선, 마을 어장 경영평가제도의 도입 등 다양한 정책을 추진하고 있다. 아울러 사라질 위기에 있는 해녀 들을 육성하고 보존하고자 제주도는 <해녀문화 세계화 홍보활동 지원에 관한 조례>, <해녀 어업 보존 및 육성에 관한 조례>, <해녀 진료비 지원 조례>, <해녀문화 보존 및 전승에 관한 조례>, <해녀문화산업 진흥 조례>를 제정하여 시행하고 있다.
해방 후 제주 경제 및 생업을 위해 활동하였던 해녀들은 1960년대와 1970년대에 크게 감소하였다. 이 시기는 우리나라 경제개발계획에 의하여 산업화 사회로 진입하는 기간이다. 이에 따라 여성 인력 수요가 커지면서 불안하고 고통스러운 잠수 직업을 피하고 안정된 직업을 찾아 나선 것도 해녀가 줄어들게 된 한 요인이 되었다. 또한 교육의 기회가 넓어지고 여성들의 취업 여건이 나아진 것과 더불어 대를 이어 물려주지 않겠다는 부모의 마음 또한 해녀가 감소하는 요인이 됐다. 열악한 바다의 조업 환경과 고된 노동의 대가와 그에 따른 소득이 너무 적다는 것이다.