일제강점기 어업조합부터 1960년대 수산업협동조합에 이르기까지 해녀를 비롯한 어업인들의 권익보호를 위해 조합이나 단체가 만들어졌다.
일제는 1908년에 <어업법>을 제정하여 일본 어민들이 조선 연해에서 어업행위를 할 수 있도록 적극적으로 장려하고 1911년에 <어업령>을 공포하여 우리나라 어업에 관한 제도를 대대적으로 바꿔나갔다. <어업령>에 따라 1912년 4월 일본의 어업조합제도에 기반한 <어업조합규칙>이 시행됨으로써 제도적으로 어업조합을 설립하였다.
1910년대 출가해녀들의 비참한 생활상이 알려지자 해녀들을 위한 제도적 지원의 필요성이 대두되었다. 이에 김태호 등 뜻있는 유지들이 발기하여 1919년 10월경 ‘제주 해녀어업조합’을 조직하고 1920년 4월에 ‘제주도해녀어 업조합’을 설립하였다. 해녀어업조합은 설립 초기에는 해녀들이 생산한 물건을 공동판매하고 출가자금을 융통하 여 주는 등 권익보호와 구제를 위하여 노력하였으나 1920년대 후반부터 어용화되어 해녀들을 착취하는 기관으로 변질되었다.
제주도어업조합은 일제강점기 초기부터 설립되기 시작하였다. 1911년 6월에 제정된 총독부 <조선어업령>과 1912년 4월에 발표된 <어업조합규칙>에 따라 1916년 5월 11일 제주도에서는 처음으로 구좌면 일원을 업무 구역으로 하는 ‘구좌면어업조합’이 설립되었다. 1919년 3월 21일에는 ‘추자도어업조합’, 1920년 4월 16일에는 제주도 일원을 업무 구역으로 한 ‘제주도해녀어업조합’이 설립되었다. 1925년 8월에는 서귀면 일원에 ‘서귀어업조합’이 설립되었다. 1929년 <조선어업령>이 개정됨에 따라 1930년 4월에는 제주읍과 한림, 애월, 조천, 성산 등지에 면 단위 어업조합이 설립되었다.
1928년 당시 제주지역에는 8개의 어업조합이 운영되고 있었는데 대부분 규모가 영세하고 문제가 많았다. 특히 ‘제주도해녀어업조합’은 해녀가 연안 어장을 전용하고 다른 어업조합은 위탁판매사업만을 하고 있어서 조합으로서 본래의 기능을 다할 수 없는 상태였다. 이때 일제는 일본 어민을 우리나라 어업분야에 진출시키기 위하여 어민수탈 정책을 적극적으로 펼쳤다. 그리고 어민의 복리증진과 제주도 어업의 통제, 개발이라는 명분 아래 1936년 12월 22일 ‘추자도어업조합’을 제외한 도내 8개 어업조합을 정책적으로 합병시켰다. 제주도 일원을 업무 구역으로 한 단일 어업조합인 ‘제주도어업조합’을 설립하고 서귀포, 한림, 모슬포, 김녕, 부산 등지에 출장소를 설치하였으며 일본 대마도에는 주재소를 두어 조직을 갖추었다.
제주어업조합은 광복 후에 개편되었다. 1945년 11월 2일에 공포한 <군정법령> 제21호에 따라 미군정하에서도 일제하의 조합 형태가 유지되면서 광복 후에도 광복 이전의 여러 법규가 그대로 적용되었다. 1948년 2월 15일 유해진 제주도지사의 행정지령에 따라 제주도어업조합은 별도로 분리되었고 ‘서귀포어업조합’이 설립됨과 동시에 ‘제주어업조합’으로 명칭이 바뀌었다. 업무 구역도 제주읍, 한림면, 애월면, 조천면, 구좌면 일원으로 변경되었다. 1948년 8월 31일 임관호 제주도지사의 인가로 한림면을 업무 구역으로 한 ‘한림어업조합’이 설립되자 제주어업조합은 제주읍, 애월면, 조천면, 구좌면 일원으로 업무 구역을 변경하게 되었다. 1962년 4월 1일 <수산업협동조합법>이 제정되어 일제치하에서 만들어진 어업조합이 수산업협동조합으로 전환되었다.
수산업에 관한 기본 제도를 정하여 수산자원을 조성·보호하고 수면을 종합적으로 이용하고 관리하기 위하여 1953년 9월 <수산업법>이 제정되었다. 1962년 1월 <수산업협동조합법>이 단행법으로 공포되어 구 단체를 수산업협동조합으로 개편하는 작업이 시행되었다. 1962년 3월 ‘수산업협동조합 설립에 대한 운영지침’에 따라 제주도 내에 5개 지구별 협동조합이 생겨나 제주, 한림, 추자도, 서귀포, 성산포 수산업협동조합이 자리 잡게 되었다. 이전 조합의 재산 등을 인계받아 출범한 협동조합은 초기에는 각종 수산관계 공공시설과 협동조합 기능시설의 열악함, 자본 부족, 취약한 사업 여건 등으로 수산물 위탁판매사업 위주의 물자구매공급사업과 지도사업 정도를 수행하는 기관에 지나지 않았다. 1976년 12월 <수산업협동조합법> 개정으로 조합의 명칭이 어업조합에서 수산업협동조합으로 바뀌면서 시·군 단위로 조직되어 있는 지구별 수산업협동조합 산하에 어촌계를 조직할 수 있게 되었다.
출향해녀들의 권익보호를 위한 단체도 설립되었다. 1950년 부산 영도에서 출가물질을 하고 있는 해녀들의 권익을 보호하기 위하여 ‘한국잠수업수산조합’을 결성하려는 시도를 했으나 6·25전쟁의 발발로 결성하지 못하였다. 1955년 9월에 <수산업법> 제69조를 강력히 내세워 서울에 전국나잠노동조합 본부를 두고 안정립을 조합장으로 선출하여 제주 출신 해녀 1,070명을 경북 지방에 입어시켰다. 1961년에는 부산에서 ‘사단법인 한국잠수협회’를 결성하였으나 5·16군사정변으로 좌절되었다. 1962년 11월 28일 부산 영도에 거주하는 제주도 유지들이 ‘잠수권익옹호회’를 결성하였고 1966년 8월에 한국수산잠수옹호회로 개칭하여 해녀들의 권익옹호를 위한 활동을 이어갔다.