수산업협동조합은 1962년 <수산업협동조합법> 제정에 따라 어업인의 어업활동 지원, 수산물의 원활한 판매처리 및 가격유지, 사회·경제적 지위 향상, 조합원의 복리증진 등을 위해 설립되었다.
이에 앞서 1953년 9월 9일 <수산업법>이 제정된 데 이어 1962년 1월 <수산업협동조합법>이 단행법으로 공포 되었다. 이에 따라 1962년 4월 1일자로 제주도 내 제주·한림·추자도·서귀포·성산포 5개의 지구별 협동조합이 생겨났고 지구별 협동조합의 산하조직으로 어촌계를 설립 할 수 있게 되었다. 수산업협동조합의 정관·사업계획 및 수지예산의 인가·어촌계의 설립인가 등은 시도지사의 인가를 받도록 하였다. <수산업협동조합법>에 따라 새로 태어난 제주·한림·추자도·서귀포·성산포 등 5개 협동조합 외에도 업종별 협동조합인 잠수기어협(본소: 전라남도 여수 소재) 제주지소가 있었다. 수협중앙회 제주도지부가 설치되 어 수산업협동조합 관련 제주도 내에 설립된 단체는 6개 가 되었다.
설립 초기의 협동조합은 이전 조합의 재산 등을 인계받 아 출범했지만 각종 수산관계 공공시설 및 협동조합 기능 시설의 열악, 자본의 부족, 취약한 사업 여건 등으로 인해 한계가 있었다. 협동조합의 주요사업은 수산물 위탁판매 사업 위주의 물자 구매공급과 지도사업 정도에 지나지 않았다.
1976년 12월 <수산업협동조합법>이 개정되어 1977년 4월 1일자로 종전의 어업협동조합이 수산업협동조합으로 일제히 명칭이 변경되고, 조합장에게 업무 통리권을 갖도록 함과 동시에 전무는 조합장을 보좌하도록 하였다. 수산업협동조합은 조합원의 어업생산활동 지원, 수산물의 원활한 판매처리 및 가격유지, 사회·경제적 지위 향상, 조합원의 복리증진을 기하는 데 본격적으로 나설 수 있게 되었다.
1970년대 이전까지 제주도 내 어업은 마을 공동어업과 어선의 60%를 차지하는 무동력 소형어선을 이용한 연안 어업이었으므로 해조류·패류와 멸치 등 일부 어종을 제외하고는 생산량이 적었다. 1970년대로 접어들어 어선의 동력화와 대형화가 이루어져 어선어업 생산량이 점점 증가하고 저온 처리기술 보급과 운송 수단의 발달에 따라 어패류 판매사업도 확대되었다. 대일청구권자금 및 경제개발계획에 따른 정부의 지원으로 위판장 시설 확장, 제빙 시설, 냉동·냉장시설, 급유·급수시설 확충 등 수산업협동조합으로써 사업 기반을 갖추어나가기 시작하였다.
1974년도 이전까지는 수산자금 조달·공급을 정부의 재정자금과 영어자금융자 등 외부 지원금에 의존하였으나 법령이 개정되어 수협도 상호금융사업을 할 수 있게 되었다. 이에 외부 의존 금융사업과 함께 수협의 자율금융사업 체제를 확립하게 되어 수산자금의 확대 공급에 기여하 게 되었다. 사업 확대에 따라 수협 평균기구 및 직원 수가 크게 확대되었다. 1970년대 초반 3~4개과 20명 정도였는데 1980년도에는 6~7개 과에 2~3개 지점 42명, 1990년도에는 7~8개 과에 3~4개 지점 53명으로 불었고, 2000년대 이르러 7개과 2~5개 지점에 70명에 이르는 직원을 둔 큰 조직이 되었다.
수산업협동조합이 설립된 이후 수산업은 다양하게 변화하고 성장하였으나 수산업 활동을 지원하는 조합의 체제와 기능은 그에 따르지 못하는 실정이다. 제주도 내 수산업협동조합은 악화되고 있는 수산업 환경 속에서 다양한 역할 수행 기반을 확보하고 건실하고 착실한 사업추진과 운영을 위하여 다양한 방안을 모색하고 있다.