지방자치단체는 해양생태계 보전 의무, 해양 및 해양수산자원의 관리·보전·개발·이용의 조화와 균형, 해양 수산발전에 필요한 기반 및 환경 지속조성 등 기본 책무를 지닌다. <해양수산발전기본법>에 따르면 해양개발과 해양수산발전 기반 및 환경조성 등은 정부가 수행하도록 규정하고 있고, 지방자치단체는 해양수산업의 육성에 관한 일부 업무를 담당하도록 하고 있다.
수산업, 수산과학기술 육성, 어민의 복지증진 등 3가지 영역은 국가와 지자체 의무로 규정되어 있으며 지자체는 현장 중심의 정책 사업을 담당한다. 수산업의 육성을 위하여 수산물 생산·유통·가공 기반을 조성하고 수산물 수출 진흥 시책을 구상하며 수산과학기술을 육성하기 위하여 연구기관, 지도기관, 대학 및 단체 등에서 수산과학기술 연구·개발·보급을 지원한다. 어촌지역민의 복지증진, 소득증대 등을 통하여 삶의 질을 개선하고 국토의 균형 발전과 보전을 위한 어촌 개발 등을 추진하는 역할도 맡는다.
제주특별자치도는 해녀문화유산을 계승하기 위한 별도 조직을 운영하고 있다. 2006년 제주특별자치도 출범으로 기존 농수축산국 산하 해양수산과가 독립부서인 해양수산국으로 강화되는 등 해양 지리적 특징을 감안한 정책 발굴과 산업 활성화를 도모하고 있으며 행정시 산하 해양수산과와 해양과학연구소, 해양수산연구원, 귀어귀촌지원 센터 등을 관리하고 있다.
제주대학교는 1965년 수산학과를 개설하여 지방 국립대학의 강점을 살렸다. 1982년 종합대학으로 승격하면서 제주대학교 해양과학대학이 단과대학으로 출범하였다. 제주대학교 해양과학대학은 해양 환경의 이해, 해양 자원의 이용과 개발, 해양 공간의 활용과 보전 등 해양과학분야의 이론과 응용방법 연구, 교육, 개발과 더불어 우수 인력을 양성하여 지역사회와 국가 및 인류의 발전에 공헌함을 목표로 하고 있다. 제주의 지역특성을 살린 해양과학 분야 연구에 중점을 두고 1999년부터 현재까지 두뇌한국(BK21)과 지방대학혁신역량강화(NURI)사업, 제주 물 산업 인재양성사업, POST-BK21사업, 산학협력선도대학(LINC) 사업 등을 수행하였다. 제주특별자치도의 제주해양수산 비전에 따른 ‘제주특별자치도·지역산업체·대학·연구기관’ 클러스터 구축으로 명실공히 해양과학 연구의 산실 역할을 맡고 있다.